Εβραϊκά γραπτά έχουν αναφερθεί ότι βρέθηκαν στο τζαμί της Αγίας Σοφίας. Ωστόσο, οι επιγραφές που βρέθηκαν ανάμεσα στις πέτρες δεν ήταν εβραϊκές, αλλά ρουμανικές και ρουνικές επιγραφές που περιείχαν διαφορετικές ευχές. Όταν Έλληνες τουρίστες και Οθωμανοί πολίτες που ήρθαν στην Κωνσταντινούπολη το 1887 έγραψαν και ζωγράφισαν εικόνες στους τοίχους και τις κολώνες του επάνω ορόφου του τζαμιού της Αγίας Σοφίας, η οθωμανική διοίκηση ανέλαβε αμέσως δράση.

Τον 19ο αιώνα, αφού επιτράπηκε στους μη μουσουλμάνους να επισκέπτονται τζαμιά, Έλληνες Ορθόδοξοι, Οθωμανοί ή Έλληνες πολίτες ξεκίνησαν ενέργειες κατά της Αγίας Σοφίας. Οι ανάρμοστες ενέργειες των Ελλήνων στην Αγία Σοφία κινητοποίησαν τις οθωμανικές αρχές και ιδιαίτερα τον σουλτάνο της εποχής σουλτάνο Αμπντούλ Χαμίτ Β’. Ο Uğur Demir, στην έρευνά του που βασίζεται σε αρχειακά έγγραφα, περιγράφει αυτό το ερώτημα ως εξής:

‘ΥΠΑΛΛΗΛΟΥΣ’
«Την προσοχή των Ελλήνων στις άσχημες ενέργειες των Ελλήνων στο τέμενος της Αγίας Σοφίας τράβηξε η διαθήκη του σουλτάνου Αμπντουλχαμίντ Β’, με τη διαθήκη του στις 20 Μαρτίου 1887. Στη διαθήκη του Αμπντουλχαμίντ Β’, η οποία απευθυνόταν στον Μουσταφά Εφέντη , Υπουργός Ιδρυμάτων, Υπουργός Ιδρυμάτων, «αυτός που πήγε στο τζαμί της Αγίας Σοφίας για επίσκεψη. Ακούγοντας ότι κάποιοι Έλληνες και Έλληνες ανέβηκαν στον δεύτερο όροφο και έγραψαν μερικές φράσεις στους τοίχους και τις κολώνες δείχνοντας τις κακές τους προθέσεις και ζωγράφισαν φιγούρες. Αυτά τα κείμενα και οι εικόνες έχουν καθαριστεί χωρίς να προκληθεί ζημιά στο κτίριο. Διέταξε όσοι επισκέπτονται τους ιερούς τόπους να έχουν μερικούς υπηρέτες μαζί τους, να ετοιμαστεί μια οδηγία που να περιλαμβάνει άλλα απαραίτητα μέτρα και να εκτελούνται χωρίς διακοπή οι διατάξεις αυτής της οδηγίας.

ΟΔΗΓΙΕΣ ΕΠΙΣΚΕΨΗΣ ΣΤΟ ΤΖΑΜΙ
Λαμβάνοντας τη διαθήκη του σουλτάνου Abdulhamid II, ο υπουργός Ιδρυμάτων Μουσταφά Εφέντι συνέταξε μια έκθεση με απάντηση 11 ημέρες αργότερα, στις 31 Μαρτίου 1887. Στην έκθεση, ενημέρωσε ότι όσα είχε πει στη διαθήκη του σουλτάνου είχαν πράγματι ακουστεί από ο ίδιος πριν, μετά πήγε στο τζαμί της Αγίας Σοφίας και έκανε έρευνες επί τόπου, και μάλιστα φωτογραφήθηκαν στους τοίχους του τζαμιού και γράφτηκαν επιγραφές. Στο υπόλοιπο της έκθεσης, εξήγησε ότι έγινε κατανοητό ότι τέτοιες εικόνες και γραπτά δεν ήταν καινούργια και ότι τέτοια πράγματα είχαν γίνει στους τοίχους του τζαμιού για 30 έως 40 χρόνια.

Ο Υπουργός Ιδρυμάτων, Μουσταφά Εφέντι, ολοκλήρωσε την έκθεσή του αναφέροντας τι πρέπει να γίνει στη συνέχεια και συνέστησε τα εξής: Να διοριστούν αμέσως αξιωματικοί και τα γραπτά που γράφουν οι επισκέπτες με εικόνες στον τοίχο του τζαμιού να καθαριστούν χωρίς να καταστραφεί το τζαμί. Μετά από αυτό, το τζαμί θα πρέπει να επισκέπτεται μόνο υπό την επίβλεψη υπηρετών και επισκέπτες εκτός από ειδικούς επισκέπτες, όπως ξένοι πρεσβευτές στην Κωνσταντινούπολη, δεν θα πρέπει να επιτρέπεται να επισκέπτονται όλα τα μέρη του τζαμιού. Τρίτον και τέλος, θα πρέπει να ετοιμαστεί ένας οδηγός για τον τρόπο επίσκεψης ιερών τόπων όπως η Αγία Σοφία Τζαμί.
Μετά την έκθεσή του, ο Υπουργός Ευκαφ, Μουσταφά Εφέντι, ετοίμασε μια οδηγία σε σύντομο χρονικό διάστημα “να προσέξουμε να μην βλάψουμε αυτά τα μέρη κατά τις επισκέψεις μη μουσουλμάνων όπως η Αγία Σοφία, η Μικρή Αγία Σοφία και τα τζαμιά Kariye στην Κωνσταντινούπολη ” . και ο σουλτάνος ​​Abdülhamid II τα είχε προετοιμάσει.
Μετά τη δημοσίευση των κανονισμών δεν υπήρξαν πολλά προβλήματα στο τζαμί της Αγίας Σοφίας και στα ιερά. Τις επόμενες στιγμές, διατυπώθηκαν καταγγελίες για κατάχρηση καθήκοντος και άδικη ζήτηση χρημάτων από αξιωματούχους που έδειχναν περισσότερα στους επισκέπτες.

Η ΚΡΙΣΗ ΤΗΣ ΑΓΙΑΣΟΦΙΑΣ ΗΤΑΝ ΚΟΝΤΑ ΣΕ ΕΞΟΔΟ ΜΕ ΤΗΝ ΕΛΛΑΔΑ
1888′ Έγινε μια πολύ ενδιαφέρουσα εκδήλωση για την Αγία Σοφία. Ένας Έλληνας ονόματι Αναστάσιος Βαρεγιέτσι έστειλε επιστολή στον Αμπντουλχαμίντ Β’ ζητώντας να μετατραπεί το τζαμί της Αγίας Σοφίας σε εκκλησία και να παραδοθεί στους Έλληνες. Σε αυτήν την επιστολή, ο Σουλτάνος ​​ζήτησε από τον Πρέσβη της Αθήνας, Μεχμέτ Φεριντούν, να ερευνήσει τον Αναστάσιο. Ο Uğur Demir, στην έρευνά του που βασίζεται σε αρχειακά έγγραφα, περιγράφει αυτό το ενδιαφέρον γεγονός ως εξής: «Η επιστολή δημοσιεύτηκε στο Ipinekorsis, ένα από τα περιοδικά του Navarin, πριν αρχίσουν οι Οθωμανοί διπλωμάτες να ερευνούν το περιστατικό. Η εφημερίδα χλεύασε αυτή την επιστολή και τη δημοσίευσε με τίτλο «Το ανατολικό ζήτημα έχει τελειώσει». Ωστόσο, ο πρεσβευτής μας στην Αθήνα ήταν σαρκαστικός. Όταν είδε την είδηση ​​στην εφημερίδα, παρόλο που ήταν άρθρο, άρχισε να ερευνά τον Αναστάσιο. ερευνώντας, έμαθε ότι ο Αναστάσιος δεν ήταν πολύ σταθερός ψυχικά και υποτιμήθηκε από το περιβάλλον του. Εν τω μεταξύ, 5 Φεβρουαρίου 1888, ο οποίος διέταξε τον Αμπντουλχαμίντ Β’ να κάνει έρευνα για τον Αναστάσιο. Η διαθήκη της πρεσβείας έφτασε στην πρεσβεία. Ο πρέσβης της Αθήνας έκανε νέα έρευνα για εκείνη.

Ο Πρέσβης μας συνάντησε τον Έλληνα Πρωθυπουργό τότε και τον ρώτησε τι πιστεύει για την είδηση ​​που δημοσιεύτηκε στην εφημερίδα Ηπινέκορση κατά τη διάρκεια της ομιλίας. Ο Έλληνας πρωθυπουργός Χαρίλαος Τρικούπης είπε στον Πρέσβη μας: «Τέτοιες ειδήσεις δεν επηρεάζουν τον ελληνικό λαό. Δεν γνώρισα ποτέ τον Αναστάσιο Βαρεγιέτση και δεν έχει καμία σχέση με την κυβέρνησή μας. Στόχος τόσο του Βασιλιά Γεωργίου Α’ όσο και της κυβέρνησής μας είναι να αναπτύξουν σχέσεις καλής γειτονίας μεταξύ των δύο χωρών και να αξιοποιήσουν στο έπακρο κάθε ευκαιρία που θα εξυπηρετεί αυτόν τον σκοπό.
Παρά την απάντηση του Πρωθυπουργού, ο Πρέσβης μας στην Αθήνα έμαθε ότι οι αθηναϊκές εφημερίδες δεν είχαν συμφωνήσει να δημοσιεύσουν την επιστολή του Αναστασίου καθώς συνέχιζε την έρευνά του. Πάνω σε αυτές τις πληροφορίες, στο τέλος της αναφοράς του με ημερομηνία 24 Φεβρουαρίου 1888, που έστειλε στην Κωνσταντινούπολη, ο πρεσβευτής μας είπε: «Σχετικά με τον Αναστάσιο είναι ένδειξη ότι αυτό το άτομο δεν ελήφθη στα σοβαρά από κανέναν στην Αθήνα», σχολίασε.
Το θέμα διευθετήθηκε πριν μετατραπεί σε διπλωματική κρίση μεταξύ των δύο χωρών, αφού ο Έλληνας πρωθυπουργός Τρικούπης το πήρε από τα κάτω.